Supongo que 2 en cpu quiere decir que es un disipador con 2 ventiladores, con lo cual deberían de ir juntos al cpu_fan de la placa, o es liquida?
No todas las placas son iguales y no todas controlan la cantidad de ventiladores que quisieramos, pero en tu caso no creo que tengas problema, ya que cpu fan y al menos 1 sys fan se puede controlar normalmente. Tambien revisa que sysfan no se controla, en mi caso por ejemplo tengo 3 y resulta que el sysfan2 es el que no se controla, cuando la logica te dice que debería ser si acaso el 3 (el ultimo). Es cuestion de verlo, puedes acoplar 2 en uno con conectores adaptadores, puedes dejar siempre a tope un venti que no haga ruido, puedes pillar reducciones de 12 a 7v para que baje de vueltas (esto lo haria si no hay mas remedio, pues estariamos perdiendo eficacia cuando el pc necesita enfriarse) repito, es cuestion de ver que posibilidades de control tienes y como conectarlo segun los ventis que tengas.