A ver, los valores que más nos interesa ver en pantalla con el MSI, serían estos (a mí me sale parte en castellano y parte en inglés):
CPU Usage
CPU Temperature (son varios valores, numerados por núcleos, etc...)
Carga de la GPU
Temperatura GPU
Luego pruebas a jugar un rato al juego que más le cueste mover a tu PC y observas esos valores cuando lleves un rato, comprobamos así por un lado si tu GPU (la gráfica) llega a valores superiores al 90% del rendimiento (lo que nos confirmaría que no hay cuello de botella) y si las temperaturas de la CPU son correctas o si necesitas refrigerar mejor, cambiar la pasta térmica, etc... lo ideal sería que nos subieras una captura de pantalla, pero si no anótalo tal y como sale en pantalla en el momento en que los valores sean más altos y también con el ordenador en reposo.
Sería también conveniente saber como tienes ventilada la torre, si la limpias con cierta regularidad, si alguna vez has cambiado la pasta térmica y si es así hace cuanto, si el procesador lleva el disipador de serie, etc...
Otra cosa que se me ha ocurrido, si descartamos las otras, es que igual está configurando con valores excesivos los juegos.
Cuando el juego te aconseja que puedes moverlo en calidad alta/ultra eso no se aplica del mismo modo a valores como el Antialiasing (AA), que digamos que van "a parte". Muchos juegos (como Crysis, Witcher 2 o Crysis 3) se diseñaron para poder funcionar a calidades superiores y con filtros (Übbersampling, MSAAAx8, etc...) con los que era imposible moverlos en su día de su salida, incluso con equipos de alta gama.
Por ejemplo juegas en ultra a un juego con un AA tipo SMAAx4 o MSAAx2 puedes no tener ningún problema con esa gráfica, pero con uno tipo MSAAx8 (que es una burrada), no lo vas a mover con fluídez ni con una gráfica tope de gama.
También hay efectos y físicas exclusivos de nvidia, como Physx, HairWorks, FireWorks,Sombreado PCSS, etc... que -en ocasiones- está disponible la opción de activarlos también con gráficas AMD (especialmente en juegos previos a la segunda mitad de 2015) y cuando tu gráfica trata de emularlos con su arquitectura, te encuentras con bajadas espectaculares del rendimiento.
Sería ideal si nos pusieras una captura de tu configuración en los dos juegos más potentes gráficamente que peor te vayan (p.ej. el Arma 3 porque yo no lo tengo). Otra cosa importante ¿estás jugando con el PC en modo de máximo rendimiento? ¿Tienes los drivers de la gráfica actualizados?