A ver, si, su velocidad en Mhz es inferior, alrededor de 1Ghz, la preegunta es...lo vas a notar??
Y la respuesta es...NO, a no ser que te dediques a edición de video extrema, renderizacion alta o virtualizacion alta de sistemas
Para jugar, no notaras para nada la diferencia entre uno y el otro, marcara mas la diferencia la grafica, y "puede" que en algun juego puntual que sea mas "sensible" a la marca del procesador, actualmente creo que solo se nota algo de diferencia en BTF1 y en texturas ultra.
Dicho esto, respecto a PCIe- x8 o x16, si se puede usar, no podrias usarla en una x4 o un x2, pero siempre que el numero sea superior no hay problema, en cuanto a rendimiento, diferencias entre un x8 y un x16, poca diferencia actualmente, como mucho en algunas graficas hay diferencias de un 5-8% de rendimineto