Aplica configuración de gabrica en la bios, eso deberia de solucionarte los puertos.
Tambien es posible que necesites driver de usb si no lo has instalado.
Sobre los Hdd si son nuevos, debes asignarle espacio a la partición.
Si no son nuevos, es posible qje dabas hacerles un formateo a bajo nivel.
A mi me paso con 2 hdd que estuvieron 2 años parados, que al intentar formatear el pc no me dejaba y daba errores, le hice ese tipo de formateo y funcionan de maravilla.
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