Antiguamente con los mas viejos sistemas operativos no estaban permitidos los espacios par a los nombres de archivos y carpetas. Es posible que esto sea una leyenda urbana que venga de aquellos tiempos, ya sabes el típico "me han dicho que no es bueno poner espacios" o "me han dicho que no debo poner espacios", y luego alguien añadió "me han dicho que no se deben poner espacios porque es malo o relentiza", estas leyendas urbanas arrastradas del pasado y que siguen vigentes son muy comunes como la de que una gráfica es mas potente por tener mas memoria o cosas así.
No descarto al 100% que esto que comentas no sea cierto, ya que los sistemas operativos siguen manteniendo una arquitectura anticuada de MS DOS y van parcheando o añadiendo complementos para modernizarlo pero no lo rediseñan desde cero, por lo que no me extrañaría que Windows accediera a un registro extra para guardar los nombres que en teoría no estaban permitidos (los que llevan espacios) y hacerlos pasar por un proceso mas de asociación del nombre que vemos.
Realmente los ficheros siguen sin llevar espacio aunque nosotros en Windows los veamos con ellos, por eso no descarto 100% esta teoría. De cualquier manera en el caso de que afecte no creo que se pierda ni un milisegundo ya que si existe algun registro de este tipo imagino que residirá en la ram ya que doy por supuesto que recargaría en el inicio de Windows.