Hola, este tipo de decisiones son personales, ya que obviamente desde un punto de vista técnico, la GTX1060 de 6GB es más potente que la GTX1060 de 3GB, y no es precisamente por la diferencia de 3GB de VRAM que hay, sino también la diferencia de núcleos CUDA, Velocidad de frecuencia del núcleo y Velocidad de frecuencia de la memoria.
Todo depende del uso que le vayas a dar a la tarjeta y la inversión que estes dispuesto a gastar. No te olvides que siempre tienes el mercado de Segunda Mano a tu disposición.
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Nota 2: En comunidad la ayuda ha de ser reciproca, busca temas sin respuesta y participa