Pienso igual, con la 960 da lo mismo, te irá bién, pero con gráfica AMD si que puede llegar a ser un problema la temperatura.
Yo perdí unos grados sustituyendo el ventilador trasero por uno más grande y mejor que el que trae, evacuando más rapidamente el aire, con eso ya se asemeja más o menos a una caja de formato normal. Después también noté mejoría abriendo el frontal de la caja. En la cube viene cerrado y creo que es el punto más negativo de ésta caja, ya que el aire no tiene facil acceso. Por arriba es dificil que entre, y si entra, no da tiempo a pasar por la gráfica, no hay más aperturas, por las diminutas rendijas de alrededor del frontal solo entra polvo, y el venti de 200mm solo refrigera los discos duros un poco.
A unas malas, siempre puedes perforar como comentas, el lado de la ventana, y eso refrescará muy mucho a la grafica, ya que le entra aire fresco del exterior.
Yo antepuse el diseño a un frontal abierto, porque sabía que acabaría abriendolo yo. Pero si no eres muy de modding, lo mejor es una caja con frontal o parte inferior respirable (con patas para que haya hueco) o ambas, más que nada, porque si algún día te hace falta bajar unos grados, tienes esa posibilidad de forzar el flujo de aire por ahí. Aunque siempre está el dilema de diseño/eficacia que es donde viene tu duda jej.
PD: Justo ayer me pillé una Bitfenix prodigy (que me tira lo apretado...), si quieres la mía avísame, en unos meses cuando ponga la nueva a mi gusto la venderé (que no te asuste tanto venti jej, lo hice más por estética.. los de arriba, casi nunca trabajan, los tengo puesto que salten solo cuando llega a 75º la gráfica, que es solo en los 4 días más calurososos de verano, creo que desde que los monté no se han encendido)