GPU NVIDIA Tesla K20X - Un gran logro en la lucha contra el VIH

Tema en 'Noticias' iniciado por Nerdi, 30 May 2013.

  1. Nerdi

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    SANTA CLARA, California—29 de mayo de 2013—Los investigadores de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign (UIUC) han dado un paso transcendental en la batalla contra la propagación del virus de inmunodeficiencia humana (VIH) gracias al uso de las GPU aceleradoras NVIDIA® Tesla®, según publica hoy NVIDIA.

    En la portada del último número de la revista Nature, una publicación científica multidisciplinar de gran prestigio, figura un nuevo artículo donde se explica cómo los investigadores de la UIUC, en colaboración con la Escuela de Medicina de la Universidad de Pittsburgh, han identificado por primera vez la estructura química de la “cápside” del VIH, una capa proteica que protege el material genético del virus y es una de las claves que explican su virulencia. Comprender esta estructura puede ser esencial para desarrollar nuevos fármacos antirretrovirales con los que combatir una enfermedad que, según las estimaciones, ha matado ya a 25 millones de personas e infectado a otros 34 millones.


    Los investigadores de la UIUC obtuvieron la información sobre la estructura de la cápside realizando la primera simulación de nivel atómico del VIH en el superordenador Blue Waters. Este superordenador Cray XK7, formado por 3000 GPU NVIDIA Tesla K20X (los aceleradores más rápidos y eficientes jamás creados), dio al equipo de investigación la capacidad computacional necesaria para ejecutar una simulación que implicaba el manejo de 64 millones de átomos y es la más grande jamás publicada.
    Según Klaus Schulten, profesor de Física de la Universidad de Illinois, “Habría sido muy difícil ejecutar una simulación de este tamaño sin la aceleración de los cálculos en las GPU del sistema Blue Waters. Empezamos a utilizar GPU aceleradoras hace más de cinco años y su uso ha agilizado enormemente el ritmo de nuestras investigaciones”.


    Diseñadas para acelerar una extensa variedad de aplicaciones científicas y técnicas, las GPU aceleradoras NVIDIA Tesla están ayudando a investigadores de todo el planeta a hacer descubrimientos importantes en multitud de campos tales como la energía, la astrofísica, el desarrollo de medicamentos o el estudio del clima, entre otros. Este tipo de procesadores brinda un rendimiento muy superior y mayor eficiencia energética que los sistemas basados en la CPU.


    “Las GPU ayudan a los investigadores a abrir nuevas fronteras del descubrimiento científico puesto que les permiten resolver problemas de mayores dimensiones y conocer en profundidad sistemas más grandes y complejos”, afirma Sumit Gupta, director general de la división de procesadores Tesla en NVIDIA, que continúa diciendo: “Blue Waters y el superordenador Titán del Laboratorio Nacional de Oak Ridge, la supercomputadora de ciencia abierta más rápida del mundo, son solo dos de los muchos sistemas equipados con GPU que están dando lugar a una nueva era de descubrimientos científicos”.



    La cápside puede ser clave para encontrar fármacos más eficaces

    Gracias a la futura incorporación de más GPU en el sistema Blue Waters, los investigadores de la UIUC esperan reducir los tiempos de simulación y obtener nuevas claves sobre la estructura y el comportamiento de la cápside del VIH.


    Esta cápside se ha convertido en un objeto de estudio de gran interés para el desarrollo de nuevos fármacos antirretrovirales, fundamentalmente debido al descubrimiento de que los macacos Rhesus han desarrollado inmunidad contra el VIH gracias a una proteína que interfiere en su funcionamiento.
    La cápside es una célula proteica que encapsula el material genético de los virus. Se encarga de proteger e introducir dicho material en las células humanas. Una vez dentro, desencapsula el material e inicia la infección.
    En la actualidad no existen tratamientos diseñados para alterar la cápside del VIH. Sin embargo, un mayor conocimiento de la estructura de esta capa protectora proporcionará a los científicos nuevas vías de información que les permitirán desarrollar fármacos más eficaces para combatir el virus.



    GPU NVIDIA Tesla

    Las GPU Tesla son aceleradores computacionales basados en la plataforma de cálculo paralelo NVIDIA CUDA® y su modelo de programación. Están diseñadas para realizar tareas de alta computación, cálculo científico y supercomputación con gran eficiencia energética y ofrecen una aceleración muy superior a la de los sistemas basados exclusivamente en la CPU para una gran variedad de aplicaciones científicas y comerciales.



    Fuente: Nvidia
     
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